El 07 de julio de 1994, aplicando las letras apostólicas Sacrorum Antistites, su Santidad el Papa Juan Pablo II, erige la nueva Diócesis de El Vigía – San Carlos del Zulia, constituyéndola sufragánea de la sede Metropolitana de Maracaibo. La solicitud de la creación de la referida  Diócesis, fue hecha por unanimidad por los obispos de la Conferencia Episcopal de Venezuela.

Un antecedente a este acontecimiento lo constituye la asignación el 20 de junio de 1966, del presbítero José Humberto Corredor como Vicario Episcopal para la Zona Panamericana, donde ya se vislumbraba el valor de El Vigía, como epicentro del crecimiento de la Iglesia en la región, lo que no descartaba que en un futuro inmediato las autoridades religiosas se vieran obligadas a crear en la Zona Sur del Lago de Maracaibo, una unidad organizativa eclesiástica que fuera más allá de las parroquias.

Adquiere  posteriormente notable significado el presbitero José Onias Mora, quien es asignado por monseñor Baltazar Porras como párroco de la Iglesia de Nuestra Señora del Perpetuo Socorro (28 de septiembre 1992), con la tarea de generar las condiciones para la transformación de esta iglesia en una futura Catedral, labor que cumplió satisfactoriamente.

En la creación de la Diócesis El Vigía .San Carlos, merece destacarse la intervención de monseñor Oriano Guilicci, Nuncio Apostólico en Venezuela para el momento, quien dispenso una vista oficial a la zona, para determinar los limites de la referida entidad (del 27 al 29 de septiembre de 1993), estuvo acompañado en esta actividad por el arzobispo de Maracaibo y asistente de la Conferencia Episcopal Venezolana monseñor Domingo Roa Pérez, el Monseñor Baltasar Porras Cardozo, Arzobispo de Mérida y el presbítero Onias Mora, Vicario de la Zona Panamericana.

En la Bula Papal, la nueva Diócesis está conformada por los territorios desmembrados  de la Arquidiócesis de Mérida, integrado por los municipios civiles: Alberto Adriani, Obispo Ramos de Lora, Caracciolo Parra y Olmedo, Tulio Febres Cordero, Justo Briceño y Julio Cesar Salas. De la Arquidiócesis de Maracaibo se separa el municipio Colón (de este territorio se crea posteriormente el municipio Francisco Javier Pulgar) y de la Diócesis de Cabimas se sustrae el municipio Sucre. El referido documento papal, establece además como  sede  a la iglesia nuestra señora del Perpetuo Socorro, de El Vigía y como Con-catedral la Iglesia San Carlos Borromeo de San Carlos del Zulia.

En la misma fecha del siete de julio de 1994, la Congregación para los Obispos, decreta el nombramiento y constituye como Administrador Apostólico para la Diócesis de El Vigía- San Carlos del Zulia al excelentísimo Domingo Roa Pérez, Arzobispo emérito de Maracaibo.

El 22 de octubre de 1994, Domingo Roa Pérez, toma el cargo el cual ejerce magníficamente durante cinco años, gestión de la cual aún se conservan huellas, destaca como el hecho trascendente de su gobierno: la Consagración de la Catedral, el día miércoles 22 de octubre de 1987, al cumplirse los tres años de su instalación. No estaba equivocado Monseñor Baltazar Porras, cuando expreso en la toma de posesión de monseñor Roa Pérez, que él era un “curtido y veterano apóstol…a sus múltiples méritos suma ser en su ancianidad un Benjamín conductor de la más joven iglesia local, aquí estamos seguros se sembrara como buen pastor y solicito evangelizador, es Yahvé le ha parecido bien a sus ojos”.

Sucede a monseñor Roa Pérez en el cargo, el monseñor William Delgado, como el primer obispo titular de la Diócesis El Vigía San Carlos, el 19  de junio de 1999, permaneciendo en esta responsabilidad hasta el 01 de octubre 2005. Ocupa el cargo como Administrador Apostólico, monseñor Luís Alfonso Márquez, del 01 de octubre al  23 de septiembre de 2006, para dar paso a José Luís Azuaje Ayala, quien la conduce como el segundo obispo titular hasta el 30 de agosto de 2013, que es trasladado a la Diócesis de Barinas. Con la sede vacante, asume el presbítero Germán Marín, como Administrador Diocesano el 21 de octubre de 2013 hasta entregar la responsabilidad al actual obispo titular Juan de Dios Peña Rojas, el 04 de julio de 2015. Además de la labor de los obispos, hay que destacar el trabajo de apoyo brindado a éstos por los Vicarios Generales de la Diócesis, responsabilidad que ha recaído en los presbíteros Onias Mora (23 de octubre de 1994) y Germán Marín (21 de enero de 2003 hasta la actualidad).

A pesar de ser una Diócesis compleja en la que se integran territorios de dos estados (Mérida y Zulia), donde confluyen nueve municipios (seis del estado Mérida y tres del Zulia), para un total de treinta parroquias eclesiásticas y tres rectorías, con una extensión territorial sumamente vasta,  los resultados luego de trenta y un  años son halagadores. De trece sacerdotes fundadores de la Diócesis (diez de la Arquidiócesis de Mérida, uno de la Arquidiócesis de Maracaibo y dos de la Diócesis de Cabimas),  hoy la cifra es de cincuenta, gracias al constante llamado de vocación sacerdotal en los jóvenes de la región.